Пожалуй сам отвечу на свой же вопрос.
Не дождавшись ответа, решил сам поэкспериментировать (основываясь на темах англоязычного форума). Вкратце скажу, что все прошло без особых проблем. 2 EAP-контроллера в одной сети могут нормально сосуществовать (по крайне мере на время миграции). Авто-переключения не происходит, по этому, в момент подготовки инфраструктуры, работа пользователей не пострадает. А теперь расскажу как это происходило, для тех кто столкнется с подобной задачей.
Я ставил EAP-контроллер на Oracle Linux 6 (RHEL 6 / CentOS 6). Вся установка заключается в скачивании архива, разархивирования, и запуска "./install.sh" . Все устанавливается само, ничего нигде делать не надо. Установка по-умолчанию происходит в каталог "/opt/tplink/EAPController/", скрипт в init.d добавляется автоматически.
После установки можно запускать либо через команду tpeap, либо как демон (service tpeap start).
В инструкции это не указано, но нужно открывать следующие порты:
TCP: 29811, 29812, 29813, 8088, 36697, 8043, 1099.
UDP: 29810, 27001.
Это все порты, которые прослушивает java в момент работы.
После того как EAP установится, заходим на сервер на порт 8088, (а он, в свою очередь редиректит на https страницу с портом 8043). Далее необходимо сделать Бекап настроек старого контроллера, и залить их на новый. Это делается во вкладке "System", пункт "Backup & Restore". После восстановление, у вас должны восстановиться почти все параметры, не считая настроек самих точек.
Теперь остается перенести точки со старого контроллера на новый. Заходим на старый контроллер, проверяем, что точка в данный момент никому не нужна (т.к. в момент миграции, она перестанет работать минут на 10-15), и обновляем прошивку если она еще не была обновлена. После чего во вкладке "Configuration" выбираем пункт "Forget this AP". После этого точка будет сброшена в исходное состояние (все данные статистики, а также имя точки и настройки IP будут сброшены, по этому лучше их куда-нибудь записать заранее). Через минут 5-7 на новом контроллере, сверху должна появиться "1" в графе "Pending", а во вкладке "Access Points" появится та точка, которую ранее сбрасывали. Далее в этой таблице справа, надо нажать "Adopt", после чего, через еще минут 5 она отобразиться в списке точек со статусом "Connected" (в процессе добавления статус точки будет меняться на "Provisining", "Configuring" и др.). Далее необходимо забить в точку все настройки которые были на старом контроллере, после чего она будет готова. То же самое нужно будет повторить со всеми вашими точками.
Примечание 1: После того как я менял конфиг самих точек, у меня очень долго применялись настройки. Точки находились в состоянии "Configuration", минут 10, но в конечном итоге они все таки загрузились. Так что, если у вас будет также, не переживайте, это норма)
Примечание 2: В момент переноса одной из точек, у меня появилась проблема, связанная с тем, что после нажатия "adopt", точка ушла в не понятное состояние (возможно это произошло из-за того что на ней стояла старая прошивка), она не реагировала на команды "reboot" и т.п. из нового контроллера, а в старом она отображалась как "Pending". Я попытался добавить ее в старый контроллер, но он тоже отказался это делать. В конечном итоге, я подключился к этой точке по SSH, зашел в расширенный режим, и перезагрузил ее оттуда. После перезагрузки, она нормально подцепилась новым контроллером, и уже оттуда я смог ее обновить. Больше с ней никаких таких проблем не было.
В общем-то на этом, процесс переезда завершен. После того как все точки будут перенесены и их работа будет проверена, можно будет отключать старый контроллер.
Надеюсь данная история/инструкция поможет другим пользователям, которые столкнулись с такой проблемой)